Por favor, use este identificador para citar o enlazar este ítem:
http://cicese.repositorioinstitucional.mx/jspui/handle/1007/1572| Transcriptómica del ducto venenoso de cuatro especies de la familia Conidae: su importancia para elucidar sus componentes y los estudios de Proteómica Venom duct transcriptomic of four species from the Conidae family: it´s importance in elucidating its components and the relevance in Proteomic studies | |
| ANDREA FIGUEROA MONTIEL | |
| ALEXEI FEDOROVISH LICEA NAVARRO | |
| Acceso Abierto | |
| Atribución | |
| Conotoxins, transcriptomic, proteomics, pHMM, PDIs Conotoxinas, pHMM, proteómica, transcriptómica, PDIs | |
| Las
conotoxinas
de
los
caracoles
marinos
venenosos
de
la
Familia
Conidae,
que
tienen
como
blanco
varios
receptores
y
canales
iónicos
de
importancia
terapéutica,
se
distinguen
por
ser
muy
disímiles
entre
sí:
conservan
únicamente
el
péptido
señal
y
determinados
marcos
de
cisteína.
A
pesar
de
que
estos
venenos
han
sido
estudiados
de
manera
sistemática
durante
los
últimos
60
años,
sólo
~2%
de
los
conopéptidos
han
sido
identificados.
La
principal
limitante
es
que
el
método
tradicional
de
descubrimiento
requiere
de
tiempo
y
de
una
gran
cantidad
de
veneno
difícil
de
obtener.
Además,
esta
metodología
ha
sesgado
el
estudio
de
los
venenos,
favoreciendo
a
las
conotoxinas
y
olvidando
al
resto
de
los
componentes.
La
mejora
de
las
técnicas
de
secuenciación
masiva
ha
permitido
obtener
transcriptomas
a
un
costo
y
tiempo
razonable.
En
este
trabajo
se
secuenció
el
transcriptoma
de
la
glándula
venenosa
de
cuatro
cónidos
pobremente
estudiados.
Se
construyeron
bibliotecas
de
cDNA
para
cada
especie
que
se
secuenciaron
utilizando
Illumina,
posteriormente
las
lecturas
se
ensamblaron
de
novo
con
Trinity
y
se
identificaron
las
conotoxinas
utilizando
pHMM.
El
número
de
secuencias
obtenidas
(de
20
a
200)
fue
menor
al
número
de
conotoxinas
esperadas
(de
100
a
200),
no
obstante,
representa
una
primera
aproximación
del
contenido
venómico
de
estas
especies.
Se
realizó
un
análisis
exhaustivo
del
transcriptoma
de
Conus
regularis
y
se
identificaron
57
conopéptidos,
clasificados
en
18
superfamilias.
También
se
identificaron
secuencias
que
no
pudieron
ser
clasificadas
pero
que
presentaban
características
típicas
de
conotoxinas;
así
como
se
confirmó
la
existencia
de
nuevos
marcos
de
cisteínas.
Por
otro
lado,
se
sabe
que
Conotoxins of the venomous marine snails from the Conidae Family target several receptors and ion channels of therapeutic relevance. Conopeptides sequences present a lot of variation from one another, only preserving a highly conserved signal peptide and certain cysteine frameworks. Although these venoms have been systematically studied over the past 60 years, only 2% of conopeptides have been identified. The main limitation is that the traditional method of discovery requires time and large amounts of venom difficult to obtain. Moreover, this methodology has biased the study of cone snails venoms towards the discovery of conotoxins and limiting the elucidation of other components. With the decreasing costs and increasing efficiency of NGS techniques it is easier to obtain complete trancriptomes. In this work, the venom gland transcriptome of four poorly studied cone snails was sequenced. cDNA libraries were constructed for each species and sequenced using Illumina, reads were assembled into contigs with Trinity in a de novo fashion and pHMM were used in order to identify conotoxins. The number of sequences obtained (20-200) was smaller than the one expected (100-200), however it represents the first approximation of the venom content of these species. A comprehensive analysis of Conus regularis transcriptome was performed, yielding 57 conopeptides classified in 18 different superfamilies. Sequences that couldn´t be classified but exhibited characteristics typical of conotoxins were retrieved. Also, new cysteine frameworks were confirmed. On the other hand, PDIs are required for proper folding of “cysteine-rich” peptides, so in order to capture potential PDIs, a highly conserved motif (APWCGHCK) was used. Characterization of PDIs families was performed in silico based in the presence of functional Thioredoxin-like domains. 41 sequences were retrieved which had on average 65% identity with other PDIs. At least one sequence of each family showed the expected thioredoxin fold, suggesting that cone snails require these enzymes to perform a correct folding of their toxins. Last, the use of “sequence tags” was established as an efficient method to obtain complete conotoxins sequences combining LC-MS/MS analysis with the obtained transcriptomes. The first conotoxins isolated from Conasprella ximenes venom is reported, I1_xm11a, a 37-mer peptide (MW 4109.69 Da) with eight cysteine residues. This peptide is not only the first conotoxin described that is capable of | |
| CICESE | |
| 2017 | |
| Tesis de doctorado | |
| Español | |
| Figueroa Montiel, A. 2017. Transcriptómica del ducto venenoso de cuatro especies de la familia Conidae: su importancia para elucidar sus componentes y los estudios de Proteómica. Tesis de Doctorado. Centro de Investigación Científica y de Educación Superior de Ensenada, Baja California. 120 pp. | |
| OTRAS | |
| Aparece en las colecciones: | Tesis - Ciencias de la Vida |
Cargar archivos:
| Fichero | Descripción | Tamaño | Formato | |
|---|---|---|---|---|
| Tesis_Figueroa_Montiel_Andrea_digital.pdf | Versión completa de la tesis | 28.09 MB | Adobe PDF | Visualizar/Abrir |