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http://cicese.repositorioinstitucional.mx/jspui/handle/1007/1588| Secuenciación genómica masiva de Panopea generosa y Panopea globosa para el desarrollo de marcadores moleculares Massive genomic DNA sequencing of the species Panopea generosa and Panopea globosa for molecular marker development | |
| CELIA ISABEL BISBAL PARDO | |
| AXAYACATL ROCHA OLIVARES | |
| Acceso Abierto | |
| Atribución | |
| Bivalvos | |
| Los bivalvos del género Panopea, conocidos como almejas de sifón o geoduck, se caracterizan por su enorme tamaño y gran longevidad. Varias especies de esta almeja han adquirido un importante valor comercial, entre las que se encuentran Panopea generosa y P. globosa, que se distribuyen en el Noroeste de México. Recientemente se ha despertado el interés por la biología, ecología y evolución de estas especies, para lo cual se han aplicado aproximaciones moleculares. Sin embargo, los marcadores moleculares disponibles no han sido suficientemente exitosos para esclarecer varias cuestiones sobre la ecología y dinámica poblacional de dichas especies a lo largo de su distribución geográfica. Estos aspectos darán información muy valiosa para determinar planes de manejo específicos, incluso a nivel poblacional. En este estudio se desarrolló una batería de marcadores moleculares microsatelitales polimórficos usando secuenciación de siguiente generación (plataforma Illumina) y aplicando análisis bioinformáticos. Se obtuvieron secuencias de buena calidad con las que se ensamblaron 868,521 contigs en P. generosa y 737,851 contigs en P. globosa. Se identificaron 30 loci microsatelitales (di-, tri- y tetranucleótidos) candidatos a marcadores moleculares por especie, de los que experimentalmente se asilaron satisfactoriamente 8 loci polimórficos en P. generosa y 9 en P. globosa. El número de alelos por locus varío de 3 a 22 y los valores de heterocigosidad observada (Ho) y esperada (He) van de 0.286 a 0.818 y de 0.504 a 0.962, respectivamente. Además se obtuvo la anotación mitocondrial completa. Los genomas mitocondriales de ambas especies fueron muy similares, pero difieren de los de otras especies de la subclasse Heterodonta. Estos nuevos hallazgos sumados a los recursos genéticos existentes servirán para profundizar en la ecología y biología de estas especies permitiendo el desarrollo de planes de manejo apropiados para asegurar la conservación de las mismas. Bivalves in the genus Panopea, also known as siphon clams or geoduck, are characterized by their large size and longevity. Several species have gained a significant commercial value, such as Panopea generosa and P. globosa, which are distributed in northwestern México. Recently, interest in their biology, ecology and evolution has increased, for which molecular techniques have been useful. However, available molecular markers have not been sufficient to clarify several issues regarding the ecology and population dynamics of these species. This knowledge is necessary to establish management plans at species level and population levels. In this study, polymorphic microsatellite molecular markers were obtained using next-generation sequencing (Illumina platform) with the help of bioinformatics tools. Good quality reads were used to build an assembly of 868,521 and 737,851 contigs of P.generosa and P.globosa, respectively. Thirty microsatellite loci (di-, tri- and tetranucleotide) per species were tested and only 8 and 9 were successfully amplified and confirmed as polymorphic markers. The number of alleles per locus ranged from 3 to 22 and the observed and expected heterozygosities ranged from 0.286 to 0.818 and 0.504 to 0.962, respectively. In addition, the complete mitochondrial genome was obtained from each species. These mitogenomes were very similar but different from other available mitochondrial genomes from other clams of the Heterodonta subclass. These findings complement the existing genetic resources and will be useful to advance our knowledge in the ecology and biology of these species, which will be of consequence to develop appropriate management and conservation plans for both species. | |
| CICESE | |
| 2015 | |
| Tesis de maestría | |
| Español | |
| Bisbal Pardo,C.I.2015.Secuenciación genómica masiva de Panopea generosa y Panopea globosa para el desarrollo de marcadores moleculares.Tesis de Maestría en Ciencias. Centro de Investigación Científica y de Educación Superior de Ensenada, Baja California.55 pp. | |
| PECES Y FAUNA SILVESTRE | |
| Aparece en las colecciones: | Tesis - Ecología Marina |
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