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http://cicese.repositorioinstitucional.mx/jspui/handle/1007/1776| Estudio in silico del genoma del virus de la hepatitis C para buscar su interrupción viral mediante la identificación de fármacos candidatos Bioinformatic study of hepatitis C virus genome in search of its viral interruption through the identification of candidates drugs | |
| VICTOR HUGO VARGAS BERMUDEZ | |
| CARLOS ALBERTO BRIZUELA RODRIGUEZ SERGIO ANDRES AGUILA PUENTES | |
| Acceso Abierto | |
| Atribución | |
| virus de la hepatitis C, polimerasa NS5B, acoplamiento, cribado virtual Polymerase, docking, virtual screening | |
| La polimerasa NS5B del virus de la hepatitis C (HCV) se ha convertido en un blanco clave para la búsqueda de fármacos que puedan interferir con su actividad, inhibiendo de esta manera el ciclo de infección de HCV. La presente investigación tuvo por objetivo el desarrollo de un protocolo bioinformático para la identificación y prueba de fármacos que permitieran inhibir in silico la polimerasa NS5B de HCV. La metodología desarrollada consistió en la comparación de distintas secuencias proteínicas para buscar aminoácidos conservados en el sitio catalítico, ensayos de acoplamiento de diferentes librerías de ligandos sobre la polimerasa y la simulación molecular de distintos complejos con ligandos candidatos. Los diferentes ensayos permitieron encontrar cuatro ligandos que mostraron interferir con la actividad de la proteína en igual o mayor grado que los ligandos de referencia sofosbuvir y canabidiol, de los que se ha comprobado su efecto inhibitorio sobre ésta. Además de los resultados obtenidos, se establecieron las bases para desarrollar estudios posteriores que consistan en el diseño de otros fármacos y la posibilidad de probar in vitro los fármacos definidos durante el estudio. Hepatits C virus (HCV) polymerase NS5B has become the main target for the search of potential drugs that can interfere with its activity and inhibit its infection cycle. The objective of the present work is to develop a bioinformatic pipeline for the identification and screening of different lead compounds that could inhibit the activity of the NS5B polymerase. The experimental design consisted of the following steps: the comparison of different protein sequences in search of conserved amino acids in their catalytic site; the analysis of docking assays with different lead compound libraries against NS5B; and the molecular simulation of distinct complexes with candidate ligands. The execution of the different assays herein mentioned, resulted in the discovery of four ligands that demonstrated to interfere equally or even better with protein activity than both sofosbuvir and cannabidiol compounds; two compounds with proven inhibitory effects on NS5B polymerase. Furthermore, these results pave the way to continue research oriented to drug design and in vitro assays with the molecules identified in this study | |
| CICESE | |
| 2017 | |
| Tesis de maestría | |
| Español | |
| Vargas Bermúdez, V.H. 2017. Estudio in silico del genoma del virus de la hepatitis C para buscar su interrupción viral mediante la identificación de fármacos candidatos. Tesis de Maestría en Ciencias. Centro de Investigación Científica y de Educación Superior de Ensenada, Baja California. 48 pp. | |
| OTRAS | |
| Aparece en las colecciones: | Tesis - Ciencias de la Vida |
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| Fichero | Descripción | Tamaño | Formato | |
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| Tesis_Vargas_Bermúdez_Victor_Hugo_27_nov_2017.pdf | Versión completa de la tesi | 1.74 MB | Adobe PDF | Visualizar/Abrir |