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http://cicese.repositorioinstitucional.mx/jspui/handle/1007/1876| Caracterización genética de líneas de reproductores de camarón blanco Penaeus (Litopenaeus) vannamei en cultivo Genetic characterization of breeding lines of white shrimp Penaeus (Litopenaeus) vannamei in culture | |
| BRENDA GUADALUPE BONETT CALZADA | |
| FABIOLA LAFARGA DE LA CRUZ | |
| Acceso Abierto | |
| Atribución | |
| Diversidad genética, marcadores microsatélites, marcadores SNP. Genetic diversity, microsatellite markers, SNP markers. | |
| El camarón blanco Penaeus (Litopenaeus) vannamei es la especie más cultivada en todo el mundo; debido a la presencia de enfermedades en cultivo y a las altas mortandades asociadas a éstas, en los últimos años se han introducido al país, líneas de reproductores procedentes de otros países con características mejoradas (resistencia a patógenos o alto crecimiento). Por este motivo, es fundamental evaluar la diversidad genética de los lotes de reproductores silvestres mexicanos y los introducidos para conocer el estado genético del recurso en nuestro país. El objetivo de este estudio fue evaluar la diversidad y diferencia genética entre líneas de reproductores de camarón blanco cultivadas en México, mediante marcadores tipo microsatélites (SSR) y marcadores de polimorfismo de nucleótido único (SNP). Para esto se utilizaron muestras de camarones silvestres de la región de Sonora y de reproductores provenientes de siete líneas de cultivo, de dos empresas ubicadas en Sinaloa (Empresa A y B, respectivamente). Se seleccionaron 12 SSR provenientes de literatura y 192 marcadores SNPs desarrollados para camarón blanco con un panel comercial. De los 12 SSR, solamente seis fueron estandarizados y amplificados con éxito en el lote de muestras silvestre; y en el caso de las líneas cultivadas no fue posible lograr una amplificación exitosa. Mientras que, de los 192 SNP contenidos en el panel comercial fueron seleccionados los que se presentaron en más del 80% de los individuos y eliminados los monomórficos, para determinar parámetros genéticos en el lote de muestras silvestres se utilizaron 35 muestras y 104 SNPs y el análisis de las líneas de cultivo fue realizado con 136 SNP y 162 muestras. Los resultados reflejan que las muestras silvestres presentan mayor heterocigosidad observada (Ho) y alto coeficiente de endogamia (FIS) con marcadores SSR (Ho: 0.326; FIS: 0.629) respecto a los mismos parámetros calculados con marcadores SNP (Ho: 0.188; FIS: 0.271), asociado al número de marcadores utilizados (SSR = 6 y SNP = 104). Por otra parte, con marcadores SNP, la línea A-1, presentó el valor más alto de diversidad genética. Los valores de heterocigosidad observada y esperada (He) no fueron significativamente diferentes entre las líneas cultivadas de ambas empresas, ni en el lote de muestras silvestres. Todas las líneas se encontraron en equilibrio de Hardy-Weinberg. White shrimp Penaeus (Litopenaeus) vannamei is the most cultured species in the world. Because of the presence of culture diseases and high mortality associated to these, broodstock lines from other countries have been introduced over the past years, these have improved characteristics (pathogen resistance or high growth). This is why the assessment of genetic diversity in Mexican wild-collected broodstock as well as the introduced lines to the country is essential to know the genetic condition of this resource in our country. The goal of this study was to assess the diversity and genetic differences between white shrimp broodstock lines cultured in Mexico, using microsatellite markers (SSR) and single nucleotide polymorphism markers (SNP). In order to achieve this, a batch of wild shrimp samples were taken from Sonora and broodstock samples were taken from seven culture lines from two companies in Sinaloa (Company A and B respectively). Twelve SSR markers from literature and 192 SNPs markers developed for white shrimp in a commercial panel were selected. Six out of the 12 SSR markers were standardized and amplified successfully in the batch of wild samples. From the 192 SNPs contained in the commercial panel, we selected the ones present in more than 80% of individuals and eliminated the monomorphic ones. To determine genetic parameters in the wild batch, 35 samples and 104 SNPs were used and the culture lines analysis was made with 136 SNPs and 162 samples. Results reflect that wild samples show higher observed heterozygosity (Ho) and high inbreeding coefficient (FIS) with SSR markers (Ho: 0.326; FIS: 0.629) compared to the same parameters calculated for SNPs markers (Ho: 0.188; FIS: 0.271), associated with the number of markers used (SSR = 6 and SNP = 104). On the other hand, A-1 line showed the highest genetic diversity values with SNPs markers. Observed and expected heterozygosity (He) values were not significantly different among wild samples and cultured lines from both companies. All lines were in Hardy-Weinberg equilibrium. According to FIS values, lines B-2 and B-5 showed random mating (panmixia), line A-1 registered negative FIS values (-0.078), showing a light exogamy. The rest of the lines and batch of wild samples had FIS from 0.048 to 0.129, the highest value corresponding to the batch of wild samples. | |
| CICESE | |
| 2017 | |
| Tesis de maestría | |
| Español | |
| Bonett Calzada, B.G. 2017. Caracterización genética de líneas de reproductores de camarón blanco Penaeus (Litopenaeus) vannamei en cultivo. Tesis de Maestría en Ciencias. Centro de Investigación Científica y de Educación Superior de Ensenada, Baja California. 81 pp. | |
| GENÉTICA DE POBLACIONES | |
| Aparece en las colecciones: | Tesis - Acuicultura |
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| Fichero | Descripción | Tamaño | Formato | |
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| tesis_Bonett_Calzada_Brenda_Guadalupe_04_dic_2017.pdf | Versión completa de la tesis | 3.76 MB | Adobe PDF | Visualizar/Abrir |