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http://cicese.repositorioinstitucional.mx/jspui/handle/1007/2438| Determinación del potencial oncogénico de algunas especies de VPH mediante el análisis in silico de la interacción entre las proteínas E6 y E6AP Oncogenic potential determination of some HPV species through an in silico analysis of the interaction between E6 and E6AP proteins | |
| LIZT SELENE SIBILA OSORIO PANDO | |
| SERGIO ANDRES AGUILA PUENTES ABRAHAM MARCELINO VIDAL LIMON | |
| Acceso Abierto | |
| Atribución | |
| Dinámica molecular; Energía Libre de Interacción; MM/GBSA; MM/PBSA; Proteína E6; ; Virus de Papiloma Humano E6 protein; Free energy calculations; Human Papillomavirus; Molecular dynamics; MM/GBSA; MM/PBSA | |
| A la fecha, se han reportado más de 200 tipos de papilomavirus que pueden infectar el tejido epitelial en humanos, estos son llamados, virus de papiloma humano (VPH). A su vez, doce de ellos pueden llevar a la célula infectada hacia un fenotipo cancerígeno, a estos tipos se les conoce como de alto riesgo. Una de las características que determina si un VPH es o no cancerígeno, es la presencia de dos proteínas, la E6 y E7. La E6 es una proteína capaz de interaccionar con la proteína celular E6AP, lo que causa un cambio conformacional en E6 que le permite el secuestro y degradación de la proteína p53. Como consecuencia, la célula no puede entrar en apoptosis. La mayoría de las investigaciones que buscan dilucidar la función de ésta proteína han sido realizadas de forma in vitro e in vivo, lo que incrementa, por mucho el costo y el tiempo para la obtención de resultados. Sin embargo, los métodos in silico, ofrecen resultados a una fracción del costo y en un menor tiempo. A la fecha, los métodos in silico han sido poco aplicados al estudio de la proteína E6, debido principalmente a que no se contaba con la estructura cristalina. No obstante, en los años 2013 y 2016 se reportó dicha estructura. El objetivo de este trabajo, es estudiar por métodos in silico la interacción de la proteína E6, tanto de tipos de VPH de alto y bajo riesgo, y la proteína E6AP; con la intensión de determinar si existe una correlación entre la energía libre de interacción teórica de cada complejo E6/E6AP, y la capacidad cancerígena del virus. Para ello, se utilizaron modelos estructurales de: la proteína E6, obtenidos mediante modelado por enhebrado, de 24 tipos de VPH y el motivo proteico de la E6AP implicado en la interacción (LxxLL). El cálculo de la energía libre de interacción se realizó a partir de simulaciones por dinámica molecular utilizando los métodos MM/GBSA y MM/PBSA incluidos en el paquete de programas Amber16. Los resultados indicaron que los valores de energía libre de interacción entre la proteína E6 y el motivo LxxLL de los VPH de bajo riesgo son muy parecidos a los valores que se obtuvo para algunos tipos de alto riesgo, éste resultado se obtuvo con ambos métodos de cálculo (MM/GBSA y MM/PBSA). Lo que indica, que la capacidad de interacción entre las proteínas E6 y el motivo LxxLL, no es determinante en el potencial cancerígeno de los VPH, al menos en los tipos correspondientes a la especie Alfa y bajo las condiciones del método desarrollado... Today, more than 200 species of papillomaviruses have been reported with the ability to infect epithelial tissue in humans; they are called human papillomavirus (HPV). Also, there are some species, 12 reported so far, with the ability to infect mucous epithelial tissue, e.g. the anogenital areas, and lead the cell towards a carcinogenic phenotype. While the onset of cellular transformation remains unclear, the presence of two proteins, E6 and E7, is very important of HPV carcinogenic potential. E6 protein can interact with a cellular protein called E6AP, which leads to a conformational change in E6 that allows the hijacking and degradation of the p53 protein; consequently, the cell cannot enter apoptosis. Most of the investigations on the function of E6 are carried out in vitro and in vivo, which increases, by far, the cost and time to obtain results. Nowadays, computational simulations or in silico methods offer an attractive alternative for faster and cheaper screening of interacting proteins than in vitro tests. Recently, a research group reported the crystallographic structure of the E6-E6AP complex, opening a new alternative to study molecular interactions between these regulatory proteins. This work aim is to study, by in silico methods, the interaction capacity of the E6 protein, from both oncogenic or non-HPV species and the E6AP protein to determine if there is a correlation between the interaction energy of each E6/E6AP complex and the carcinogenic capacity of the virus. In order to achieve this goal, structural models of E6 proteins were obtained by threading the modeling of 24 types of HPV types and the interaction motif of the E6AP (LxxLL). End-point free energy calculations were performed, the calculation of the interaction-free energy was performed based on molecular dynamics simulations and the MM / GBSA and MM / PBSA methods included in the Amber16 program package. The results indicated that overall free energy of interaction between the E6 protein and the motif LxxLL from low risk HPV is very similar to the values obtained for some types of high risk, this result was obtained with both methods of calculation (MM / GBSA and MM / PBSA). Our results indicate that the interaction capacity between E6 proteins and the LxxLL motif is not determinant in the carcinogenic potential of HPV, at least in the types corresponding to the alpha species and under the experimental conditions developed... | |
| CICESE | |
| 2018 | |
| Tesis de maestría | |
| Español | |
| Osorio Pando, L.S.S. 2018. Determinación del potencial oncogénico de algunas especies de VPH mediante el análisis in silico de la interacción entre las proteínas E6 y E6AP. Tesis de Maestría en Ciencias. Centro de Investigación Científica y de Educación Superior de Ensenada, Baja California. 73 pp. | |
| INGENIERÍA BIOQUÍMICA | |
| Aparece en las colecciones: | Tesis - Nanociencias |
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| Fichero | Descripción | Tamaño | Formato | |
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| Tesis_Osorio_Pando_Lizt_Selene_Sibila_28_ago_2018BC.pdf | versión completa de la tesis | 3.79 MB | Adobe PDF | Visualizar/Abrir |