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http://cicese.repositorioinstitucional.mx/jspui/handle/1007/2758| Genómica poblacional de la almeja mano de león (Nodipecten subnodosus) en las costas de la península de Baja California, México Population genomics of the lion paw scallop (Nodipecten subnodosus) on the coasts of Baja California, Mexico | |
| MANUEL HUEMAN VARGAS BRAVO | |
| CLARA ELIZABETH GALINDO SANCHEZ | |
| Acceso Abierto | |
| Atribución | |
| Genómica, Poblacional, Bivalvos, RAD-seq, SNP’s Genomics , populations, bivalbes, RAD-seq, SNP’s | |
| La almeja Mano de León (AML, Nodipecten subnodosus) es un bivalvo de importancia comercial. En México el recurso se extiende a ambos lados de la península de Baja California, la sobrepesca y mortandades masivas han reducido las poblaciones naturales, llevándolas al límite de su explotación, por lo que se han impuesto vedas indefinidas. La producción de semilla en laboratorio no es suficiente para detonar el cultivo. Adicionalmente, se puede afectar la diversidad genética de la especie en sus sitios de distribución, debido a que se ha observado alteración de las frecuencias alélicas, diferenciando la semilla de las poblaciones naturales. La secuenciación de ADN asociada a sitios de restricción (RAD-seq), es una técnica muy útil para la evaluación genómica de poblaciones de organismos, permitiendo obtener una gran cantidad de marcadores a un relativo bajo costo. Los polimorfismos de un solo nucleótidos (SNP’s) son un ejemplo de estos marcadores, se utilizan comúnmente para describir la estructura poblacional y diversidad genética. El presente estudio analizó SNP’s derivados de RADseq para describir la estructura poblacional a fina escala de cinco poblaciones naturales de AML en ambas costas de la península de Baja California y un stock de semillas (SEM) producido en laboratorio. Se observó que las poblaciones naturales presentan baja estructura poblacional. Los análisis de componentes genéticas (admixture) y principales (ADCP) indican un grupo único. La población artificial (SEM) presentó una diversidad genética similar a la de las poblaciones naturales, sin embargo, los individuos de este grupo se separan de las poblaciones naturales en el índice de fijación alélica. El análisis de admixture y el ADCP separaron SEM como un grupo distinto a las poblaciones naturales, con excepción de un individuo. Estos resultados sugieren que existe una población de AML, con diferencias en el índice de fijación alélica, pero con las mismas componentes genéticas. Las semillas de cultivo producidas en laboratorio resultan en un grupo de organismos con diferencias genéticas marcadas respecto a las poblaciones naturales. Éste trabajo finca las bases genéticas para la producción dirigida de organismos en laboratorio tanto para la acuacultura como para repoblar las poblaciones naturales de este recurso económico y ecológico. Lion paw scallop is an economically important bivalve. Although the resource its distributed along the coast of the Baja California peninsula, its overfishing along with mass mortalities have reduced it to the limit it was necessary to implement a time undefined ban on the fishery. Production from aquaculture has been insufficient, and the laboratory generated spat has an altered allele frequency, so it possesses risk to the natural populations. The Restriction Associated DNA sequencing (RAD-seq), it’s a very useful technique for genomic evaluation of populations, allowing to recover thousands of markers at relative low cost. Single Nucleotide Polymorphisms are an example of this markers, commonly used to assess population structure and genetic divergence. The present study analyzed RAD-seq derived SNP’s to describe five natural populations of lion paw scallops and one laboratory derived spats stock (SEM). A low population structure was observed amongst the wild samples. Genetic components analysis (admixture) and Discriminant Principal Components Analysis (DPCA) indicate a unique group amongst wild samples. Artificial population (SEM) presented a genetic diversity similar to the natural populations. However, individuals in this artificial group have a significantly different fixation index (Fis). The admixture and DPCA tests indicate this artificial group is different to the wild populations. These results suggest there is a single population of lion paw scallops around the peninsula, with some populations having a unique demography that affects the Fis but the same genetic components. Laboratory produced spat results in a genetically different composition. This work sets the basis for directed laboratory spat production, for aquaculture but also for resettlement of the natural populations of this economic and ecological resource. | |
| CICESE | |
| 2019 | |
| Tesis de maestría | |
| Español | |
| Vargas-Bravo, M.H. 2019. Genómica poblacional de la almeja mano de león (Nodipecten subnodosus) en las costas de la península de Baja California, México. Tesis de Maestría en Ciencias. Centro de Investigación Científica y de Educación Superior de Ensenada, Baja California. 46 pp. | |
| GENÉTICA DE POBLACIONES | |
| Aparece en las colecciones: | Tesis - Ciencias de la Vida |
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| Tesis Vargas Bravo Manuel Hueman 16 Enero 2019_IMPRIMIR.pdf | Descripción completa de la tesis | 1.84 MB | Adobe PDF | Visualizar/Abrir |