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http://cicese.repositorioinstitucional.mx/jspui/handle/1007/3001| Análisis proteómico comparativo entre tumores de mama benignos y malignos en mujeres mexicanas Comparative proteomic analysis of benign and malignant breast tumors of Mexican women | |
| VARESKA LUCERO ZARATE CORDOVA | |
| ALDO MORENO ULLOA ISRAEL RAMIREZ SANCHEZ | |
| Acceso Abierto | |
| Atribución | |
| Benigno, maligno, mama, tumor, espectrometría de masas, swath-ms Benign, malignant, breast, tumor, proteomic, mass spectrometry, swath-ms | |
| Cuando las células del seno proliferan sin control se da origen a la formación de una masa celular o tumor el cual se puede clasificar como benigno (TMB) o maligno (TMM), siendo que la presencia de este último en el seno diagnostica a un individuo con cáncer de mama. En México, el cáncer de mama es la neoplasia más prevalente y mortífera en mujeres. Complicando el escenario es el hecho de que un TMB puede transformarse en un TMM con el paso del tiempo. Sin embargo, los mecanismos involucrados en dicho proceso se desconocen, principalmente porque existe una limitada información acerca de sus diferencias a nivel molecular. Debido a que la función celular es directamente dictada por la acción de las proteínas, un estudio sobre el proteoma de los TMB y TMM puede proveer de información relevante que ayude a comprender sus diferencias. Este estudio evaluó y comparó el proteoma de los TMB (n = 10) y TMM (n = 6) de mujeres mexicanas. Para este fin, se utilizaron como herramientas de análisis la espectrometría de masas, softwares especializados y análisis estadísticos multivariantes para cuantificar la abundancia de proteínas entre ambos grupos. Mediante nuestro método, cuantificamos 2,168 proteínas con una confiabilidad mayor al 99% y tasa global de descubrimientos falsos menor al 1%. Un total de 523 proteínas mostraron una abundancia diferencial y significativa entre los TMM y TMB; 432 aumentaron y 86 disminuyeron en la cohorte de sujetos con TMM (±1.5 fold change y p <0.05). Los análisis multivariantes sugieren a cuatro proteínas como biomarcadores de malignidad incluyendo principalmente proteoglucanos moduladores de la matriz extracelular. La abundancia diferencial de dichas proteínas fue validada por Western blot. Además, el análisis de enriquecimiento por ontología de genes de las proteínas con un aumento significativo en los TMM sugiere una mayor activación principalmente de los procesos biológicos relacionados a la regulación de la expresión de SLIT y ROBO, enfermedades infecciosas, metabolismo de ARN, degranulación de neutrófilos, ciclo del ácido cítrico y transporte de electrones, y biogénesis y mantenimiento de orgánulos. Por otro lado, las proteínas con una disminución significativa sugieren una inhibición de procesos relacionados con el CHST6 defectuoso que causa MCDC1, organización de la matriz extracelular, regulación del transporte del factor de crecimiento similar a la insulina (IGF) y absorción por las proteínas de unión al factor de ... Breast tumors are produced by an uncontrollable cell proliferation mechanism and can be classified as benign (TMB) or malignant (TMM). TMM or breast cancer is the neoplasia with the highest incidence and mortality in Mexican women. Over time, some types of TMB can transform into a TMM. However, the mechanisms involved in such process remain elusive and limited studies have examined the molecular differences between TMB and TMM. Hence, the aim of this study was to evaluate and compare the proteomic profile of TMB (n = 10) and TMM (n = 6) of Mexican women. For this purpose, liquid chromatography coupled to mass spectrometry (LC-MS) and multivariate statistical analysis were used to compare the breast proteome among both cohorts. Also, bioinformatic tools were used to investigate pathways associated with the proteins differentially abundant in TMM vs. TMB. Using our method, we quantified 2,168 proteins with a confidence greater than 99% and global false discovery rate lower than 1%. A total of 523 proteins showed a significant differential abundance (±1.5-fold change and p-value <0.05) between TMM and TMB; 432 were up-regulated and 86 down-regulated in the TMM cohort. Multivariate analysis (PCA and PCVG) strongly suggested three proteins (i.e., extracellular matrix modulating proteoglycans) as markers of malignancy. These proteins were validated by Western blot analysis. In addition, the functional enrichment analysis of the up-regulated proteins in TMM using the REACTOME Database suggests a greater activation of the regulation of expression of SLIT and ROBO, signaling by ROBO receptors, and metabolism of RNA pathways (top-three). On the other hand, down-regulated proteins in TMM were associated with the defective CHST6 causes MCDC1, extracellular matrix organization, and regulation of Insulin-Like Growth Factor (IGF) and transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) pathways (top-three). In conclusion, our study revealed molecular differences at the protein level among TMB and TMM and strongly associated proteins of the extracellular matrix with the malignancy of breast tumors. However, a study with a larger number of participants is warranted to corroborate and extrapolate our findings. | |
| CICESE | |
| 2019 | |
| Tesis de maestría | |
| Español | |
| Zárate Córdova, V.L. 2019. Análisis proteómico comparativo entre tumores de mama benignos y malignos en mujeres mexicanas. Tesis de Maestría en Ciencias. Centro de Investigación Científica y de Educación Superior de Ensenada, Baja California . 66 pp. | |
| PROTEÍNAS | |
| Aparece en las colecciones: | Tesis - Ciencias de la Vida |
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| TESIS_VARESKA_ZARATE_30_setiembre_2019.pdf | Versión completa de la tesis | 3.86 MB | Adobe PDF | Visualizar/Abrir |