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http://cicese.repositorioinstitucional.mx/jspui/handle/1007/3303| Filogeografía de Yucca valida en la Península de Baja California Yucca valida phylogeography in the Baja California Peninsula | |
| JOSE ALBERTO LOPEZ ALEMAN | |
| María Clara Arteaga Uribe | |
| Acceso Abierto | |
| Atribución | |
| Yucca valida, estructura genética, aislamiento por distancia, tiempo de divergencia, historia demográfica Yucca valida, genetic structure, isolation by distance, divergence time, demographic history | |
| La especie Yucca valida (Asparagaceae) es una planta endémica de la península de Baja California que se distribuye en el desierto Central, el desierto del Vizcaíno y las planicies de Magdalena. En esta región se han registrado divergencias genéticas de diversas especies, que se han asociado a eventos históricos geológicos y climáticos ocurridos en la península. Dado que Y. valida es un elemento dominante en el paisaje de la región, se espera que sus poblaciones hayan experimentado una fragmentación relacionada con dichos eventos. Con el fin de identificar cuántos linajes genéticos existen a lo largo de la distribución de Y. valida, reconstruir su historia demográfica e interpretarla en el contexto de la historia de la península, se evaluó la distribución de la variación genética de la especie por medio de polimorfismos de un solo nucleótido (SNPs) neutrales. Adicionalmente, se estimó el tiempo de origen de la especie a partir de análisis basados en el reloj molecular y para ello se utilizaron secuencias potencialmente provenientes del genoma del cloroplasto. Se genotipificaron 140 individuos provenientes de 20 localidades utilizando 1440 SNPs. Los análisis de estructura genética y las genealogías nucleares fueron congruentes con la identificación de tres linajes monofiléticos divergentes. Las simulaciones de escenarios históricos proporcionaron soporte para la divergencia simultánea de los tres linajes nucleares. Se detectó alta diversidad genética y una asociación positiva y significativa entre las distancias geográficas y la diferenciación genética, indicando un patrón de aislamiento por distancia. Para la estimación del tiempo de divergencia de la especie, se recuperaron 36 secuencias potencialmente provenientes del genoma del cloroplasto de Y. valida. En el análisis filogenético, las 36 secuencias de Y. valida se agruparon en un único clado, sugiriendo un origen monofilético. La estimación del tiempo de divergencia indica que el origen de la especie ocurrió aproximadamente entre 190,000 y 420,000 años. Considerando la edad estimada de la especie, se propone que el origen de los linajes nucleares detectados está relacionado con una reducción del hábitat adecuado para la especie y una fragmentación de sus poblaciones provocada por cambios climáticos históricos y es mantenido por un flujo genético restringido. Yucca valida (Asparagaceae) is an endemic plant of the Baja California Peninsula that distributes through the Central Desert, the Vizcaino Desert and the Magdalena Plains. Genetic divergences associated with historical geological and climatic events have been recorded for various species in these regions. Since Y. valida populations are dominant in this area; it is expected that they have experienced fragmentation related to these events. To identify how many genetic lineages Y. valida exist within its geographical distribution, to reconstruct the species' demographic history and interpret it in the context of the history of the Peninsula; the distribution of the genetic variation of the species was evaluated through neutral Single Nucleotide Polymorphisms (SNPs). Additionally, the species' diversification time was estimated from analyzes based on the molecular clock, employing putative chloroplast genome sequences. A total of 140 individuals from 20 localities were genotyped using 1440 SNPs. The genetic structure analyzes and nuclear genealogies were consistent with the identification of three divergent monophyletic lineages. Historical scenario simulations provided support for the simultaneous divergence of the three nuclear lineages. A high genetic diversity was detected. A positive and significant relation between geographic distances to genetic differentiation indicated isolation by distance. To estimate the divergence time of the species, 36 putative chloroplast genome sequences of Y. valida were recovered. In the phylogenetic analysis, the 36 sequences of Y. valida grouped into a single clade, suggesting a monophyletic origin. The estimated diversification time indicates that the origin of the species occurred between 190,000 and 420,000 years ago. Based on the age estimated for the species, it is proposed that the diversification of the three nuclear lineages is related to the reduction of the suitable habitat and the fragmentation of species' populations caused by historical climatic changes while a restricted genetic flow is maintaining the differentiation signals. | |
| CICESE | |
| 2020 | |
| Tesis de maestría | |
| Español | |
| López Alemán, J.A. 2020. Filogeografía de Yucca valida en la Península de Baja California. Tesis de Maestría en Ciencias. Centro de Investigación Científica y de Educación Superior de Ensenada, Baja California. 33 pp. | |
| ECOLOGÍA VEGETAL | |
| Aparece en las colecciones: | Tesis - Ciencias de la Vida |
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