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http://cicese.repositorioinstitucional.mx/jspui/handle/1007/3372| Identificación de secuencias genómicas virales en el piojo harinoso de la vid (Planococcus ficus Signoret, 1875) presente en viñedos de Ensenada, Baja California Identification of viral genome sequences in the vine mealybug (Planococcus ficus, Signoret 1875) present in vineyards of Ensenada, Baja California | |
| José Luis Duarte de Jesús | |
| JIMENA CARRILLO TRIPP | |
| Acceso Abierto | |
| Atribución | |
| : Planococcus ficus, Vitis vinifera L., secuencias virales, virus específicos de insecto, control biológico, virómica, metagenómica Planococcus ficus, Vitis vinifera L., viral sequences, insect specific viruses, biological control, viromics, metagenomics | |
| La vid, Vitis vinifera L., es la especie de vid más cultivada para la explotación de su fruto en las regiones de Europa, África y América. En México, Baja California (B.C.) es la entidad con mayor aporte a la producción nacional de uva con fines de uso industrial. Actualmente, la plaga de insecto más importante de los cultivos de Vitis vinifera L. en México y otros países es el piojo harinoso de la vid, Planococcus ficus (Signoret, 1875). En las últimas décadas, se ha explorado la diversidad de virus que infectan exclusivamente a insectos, con la finalidad de esclarecer sus interacciones ecológicas y encontrar, en última instancia, alternativas para el control de las poblaciones de insectos. Dicha prospección de virus específicos a P. ficus no había sido abordada. Por lo tanto, mediante técnicas de secuenciación masiva (RNA-seq) y análisis bioinformáticos, en el presente estudio se realizó la búsqueda e identificación de secuencias de virus con genoma de RNA o DNA en muestras de P. ficus colectadas en 14 viñedos de Ensenada, B.C. Dentro de los resultados de virus con genoma de RNA, se identificaron dos genomas casi completos de virus putativos relacionados con las familias Tymoviridae y Dicistroviridae. Adicionalmente, se encontraron fragmentos de genomas de virus putativos correspondientes a las familias Tymoviridae, Reoviridae, Rhabdoviridae, Tombusviridae, Iflaviridae, y al orden Picornavirales. Por otro lado, se logró la detección de secuencias relacionadas a virus de dsDNA de las familias Baculoviridae, Poxviridae y Polydnaviridae. Complementario al análisis bioinformático, se realizaron enriquecimientos de partículas tipo virus (VLPs) a partir de tejido de P. ficus y se analizaron por microscopía electrónica. Esto reveló la presencia de agregados de partículas que, en algunos casos, asemejan en tamaño y/o forma a los cuerpos de oclusión producidos por algunos virus de insecto durante la infección. La evidencia conjunta obtenida de los análisis realizados indica la presencia de uno o más virus de RNA putativos que pudieran asociarse específicamente con P. ficus. Este trabajo sienta las bases para futuros estudios de caracterización de virus específicos de P. ficus y virus de vid asociados a este insecto. The grapevine, Vitis vinifera L., is the most worldwide-spread species cultivated for grape production in Europe, Africa, and America. In Mexico, Baja California (B.C.) is the region with the highest grape production for industrial purposes. The vine mealybug, Planococcus ficus (Signoret, 1875), is the most important insect pest in grapevine growing areas in Mexico and other countries. Recently, the diversity of viruses infecting insects has been broadly explored to elucidate further ecological viral-hots interactions in many insect species, which in some cases has resulted in the application of virus-based biological control agents for insect pests. However, a prospection of viruses associated with P. ficus had not been addressed yet. In the present study, P. ficus individuals collected through 14 different vineyards in Ensenada, B.C., were analyzed by RNA metagenomics. Several sequences of putative RNA viruses were found, including two nearly complete genomes related to the Dicistroviridae and the Tymoviridae families. Moreover, several smaller sequences related to viral genomes of the Tymoviridae, Reoviridae, Rhabdoviridae, Tombusviridae, and the Iflaviridae families, as well as with Picornavirales order, were identified. A group of sequences related to dsDNA viral genomes of the Baculoviridae, Poxviridae, and the Polydnaviridae families was also found. As a complement to these bioinformatic results, virus-like particle (VLPs) enrichment and electron microscopy analyses were carried out. These experiments revealed the presence of some particles that resemble viral occlusion bodies in shape and size. The overall obtained evidence points to the presence of one or more putative RNA viruses that could specifically infect P. ficus. This study provides the first insight into the P. ficus virome. It sets the foundation to further studies aimed to characterize those viruses potentially infecting P. ficus, in addition to grapevine viruses associated with this mealybug. | |
| 2020 | |
| Tesis de maestría | |
| Español | |
| Duarte de Jesús, J.L. 2020. Identificación de secuencias genómicas virales en el piojo harinoso de la vid (Planococcus ficus Signoret, 1875) presente en viñedos de Ensenada, Baja California. Tesis de Maestría en Ciencias. Centro de Investigación Científica y de Educación Superior de Ensenada, Baja California. 173 pp. | |
| VIROLOGÍA | |
| Aparece en las colecciones: | Tesis - Ciencias de la Vida |
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| tesis_José Luis Duarte De Jesús _27 nov 2020.pdf | Versión completa de la tesis | 7.04 MB | Adobe PDF | Visualizar/Abrir |