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http://cicese.repositorioinstitucional.mx/jspui/handle/1007/3646| Evaluación comparativa de RT-PCR punto final, RT-PCR en tiempo real y RT-LAMP en el diagnóstico del virus GLRaV-3 asociado al enrollamiento de la hoja en plantas de vid Evaluación comparativa de RT-PCR punto final, RT-PCR en tiempo real y RT-LAMP en el diagnóstico del virus GLRaV-3 asociado al enrollamiento de la hoja en plantas de vid | |
| Odett Mariana Sandez Salas | |
| JIMENA CARRILLO TRIPP | |
| Acceso Abierto | |
| Atribución | |
| Enfermedad del enrollamiento de la hoja de vid, GLRaV-3, diagnóstico molecular, rendimiento analítico, rendimiento diagnóstico Grapevine leafroll disease, GLRaV-3, molecular diagnosis, analytical performance, diagnostic performance | |
| El enrollamiento de la hoja de la vid (grapevine leafroll disease, GLD) es causada por un complejo de virus de la familia Closteroviridae; dentro de estos, el virus más representativo de la enfermedad es el GLRaV-3, perteneciente a la especie Grapevine leafroll associated virus 3. Recientemente nuestro grupo de trabajo detectó la presencia de virus asociados a GLD en viñedos de Baja California mediante la técnica de RT-PCR punto final. Este resultado es de especial interés debido a la introducción del piojo harinoso de la vid al Estado, un insecto vector del virus GLRaV-3 y otros virus asociados a GLD. En el presente trabajo se establecieron los protocolos para la detección de GLRaV-3 mediante las técnicas de diagnóstico molecular RT-PCR en tiempo real y RT-LAMP. Además, se determinaron las características de rendimiento analítico y diagnóstico de ambas técnicas utilizando como referencia la RT-PCR de punto final. La técnica RT-LAMP resultó muy sensible, capaz de detectar hasta una copia de transcrito viral, pero por lo mismo, muy propensa a la contaminación ambiental. Los resultados obtenidos permitieron establecer que debido a la variación en las secuencias genéticas de GLRaV-3 y a las bajas concentraciones de ARN viral en muestras con síntomas, no hay una técnica única de diagnóstico ideal para la detección de GLRaV-3. Sin embargo, la técnica RT-PCR en tiempo real resultó ser la más adecuada para establecer un diagnóstico confiable de GLD al detectar a GLRaV-3 de manera específica. Así mismo, las técnicas RT-PCR punto final y RT-LAMP pueden ser buenas auxiliares para detectar a GLRaV-3 en muestras con bajo título viral. The etiological agents of the grapevine leafroll disease (GLD) are a viral complex of the family Closteroviridae, where the principal virus is GLRaV-3, a virus belonging to Grapevine leafroll associated virus 3 species. Recently, our study group detected the presence of GLD associated viruses in Baja California by endpoint RT-PCR. This result is of particular interest given the introduction of the vine mealybug, Planococcus ficus to the area, an insect vector of GLRaV-3, and other GLD associated viruses. The present study established the protocols for GLRaV-3 detection by two molecular diagnostic techniques, real time RT-PCR and RT-LAMP. Their analytical and diagnostic performance characteristics were determined compared to endpoint RT-PCR. RT-LAMP was the most sensitive, detecting as low as one viral transcript copy but prone to environmental contamination. The results obtained allowed us to establish that due to the variability in GLRaV-3 genetic sequences and the low amounts of viral RNA in samples with symptoms, there is no ideal unique diagnostic technique for detecting GLRaV-3. However, the real time RT-PCR technique is the most appropriate to establish a reliable diagnosis of GLD by specifically detecting GLRaV-3. Finally, the endpoint RT-PCR and RT-LAMP techniques can help detect GLRaV-3 in samples with low viral titer. | |
| CICESE | |
| 2021 | |
| Tesis de maestría | |
| Español | |
| Sandez Salas, O.M. 2021. Evaluación comparativa de RT-PCR punto final, RT-PCR en tiempo real y RT-LAMP en el diagnóstico del virus GLRaV-3 asociado al enrollamiento de la hoja en plantas de vid. Tesis de Maestría en Ciencias. Centro de Investigación Científica y de Educación Superior de Ensenada, Baja California. 92 pp. | |
| OTRAS | |
| Aparece en las colecciones: | Tesis - Ciencias de la Vida |
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