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http://cicese.repositorioinstitucional.mx/jspui/handle/1007/3936| Identificación de especies para trazabilidad de abulones del Pacífico nororiental y genómica poblacional de Haliotis cracherodii en peligro crítico Species identification for traceability of abalone from Northeast Pacific and population genomics of the critically endangered Haliotis cracherodii | |
| CARMEN ELVIRA VARGAS PERALTA | |
| CLARA ELIZABETH GALINDO SANCHEZ Fabiola Lafarga de la Cruz | |
| Acceso Abierto | |
| Atribución | |
| Identificación de especies, Haliotis, abulón, RADseq, HRM, SNP Species Identification, Haliotis, RADseq, HRM, SNP | |
| En el Pacífico Nororiental (PNO) habitan seis especies de abulón con importancia ecológica y socioeconómica para la península de Baja California, México. Cinco de ellas se encuentran en la Carta Nacional Pesquera que establece permisos y cuotas para su captura por medio de cooperativas pesqueras. Estados Unidos es el principal mercado del abulón mexicano, país en el cual la pesca de abulón está cerrada y donde el comercio de especies en peligro crítico como el abulón chino y negro es ilegal. Por ello, es necesario contar con herramientas moleculares que permitan el comercio responsable y sustentable de este recurso. Los marcadores SNP se han utilizado en identificación de especies, asignación parenteral, análisis poblacional, trazabilidad y otras aplicaciones en organismos acuáticos. Sin embargo, su uso puede ser poco práctico en análisis de rutina. De lo contrario, el uso de un solo marcador molecular no siempre es suficiente para identificación de especies y, en ocasiones, puede llevar a conclusiones erróneas. En este trabajo, se generaron marcadores SNP para la identificación de las especies de abulón del PNO con alto poder discriminante y se compararon con marcadores monolocus (Mml) previamente reportados y nuevos (diseñados aquí) para su uso potencial en tejido fresco, productos enlatados y organismos híbridos. Se obtuvo un panel Total de 1,123 SNP, de los cuales se seleccionaron los SNP más informativos bajo dos criterios: con Alelos Privados (66 SNP) y con Alelos Atípicos (24 SNP), que permitieron la discriminación de cinco y cuatro especies de abulón, respectivamente. A partir del panel de Alelos Privados, se seleccionó un número reducido de SNP con el que se desarrolló una metodología para su rápida detección por medio de curvas de disociación (HRM). Se logró la identificación correcta de las seis especies de abulón en tejido fresco y productos enlatados con un mejor desempeño que los Mml, lo cual hace factible esta metodología para su uso rutinario en productos desconchados, congelados y/o enlatados. Por otra parte, considerando que el abulón negro es un recurso en peligro crítico, se identificaron marcadores SNP empleando su genoma de referencia para analizar la genómica poblacional a lo largo de su distribución geográfica en nueve localidades distribuidas entre California (CMC, CSM) y Baja California (BJM, ITS, SLM, PBD, BTS, PCS, FSJ) con signos de recuperación. Con 11,152 SNP neutrales se encontró una estructura genómica que divide el área .. Six abalone species of ecological and socioeconomic importance for the Baja California peninsula, Mexico, inhabit the Northeastern Pacific Ocean (NEP). Five of them are included in the National Fishing Charter, which establishes permits and quotas for their capture by fishing cooperatives. The United States is the primary market for Mexican abalone, a country where abalone fishing is closed and where the trade of critically endangered species such as Chinese/white and black abalone is illegal. Therefore, it is necessary to have molecular tools that allow responsible and sustainable trade of this resource. SNP markers have been used in species identification, parenteral allocation, population analysis, traceability, and other applications in aquatic organisms. However, their use may be impractical in routine analysis. Otherwise, using a single molecular marker is insufficient for species identification and can sometimes lead to erroneous conclusions. This work generated SNP markers for identifying NEP abalone species with high discriminant power. It compared them with previously reported and new monolocus markers (Mml) (designed here) for potential use in fresh tissue, canned products, and hybrid organisms. A Total panel of 1,123 SNPs was obtained, from which the most informative SNPs were selected under two criteria: Private Alleles (66 SNPs) and Atypical Alleles (24 SNPs), which allowed discrimination of five and four abalone species, respectively. A reduced number of SNPs were selected from the Private Allele panel, and a methodology was developed for their rapid detection through melting curves (HRM). Correct identification of the six abalone species in fresh tissue and canned products was achieved with better performance than Mml, which makes this methodology feasible for routine use in shucked, frozen, and canned products. On the other hand, considering that black abalone is a critically endangered resource, SNP markers were identified using its reference genome to analyze population genomics along its geographic distribution in nine locations distributed between California (CMC, CSM) and Baja California (BJM, ITS, SLM, PBD, BTS, PCS, FSJ) with signs of recovery. With 11,152 neutral SNPs, a genomic structure was found that divides the area into two groups: one group to the north made up of seven localities (CMC, CSM, BJM, ITS, SLM, PBD, BTS) and another to the south with two (PC and FSJ). Despite their geographical distance (300 km), there is a high.. | |
| CICESE | |
| 2023 | |
| Tesis de doctorado | |
| Español | |
| Vargas Peralta, C.E. 2023. Identificación de especies para trazabilidad de abulones del Pacífico nororiental y genómica poblacional de Haliotis cracherodii en peligro crítico. Tesis de Doctorado en Ciencias. Centro de Investigación Científica y de Educación Superior de Ensenada, Baja California. 77 pp. | |
| OTRAS | |
| Aparece en las colecciones: | Tesis - Ciencias de la Vida |
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