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http://cicese.repositorioinstitucional.mx/jspui/handle/1007/3943| Análisis del genoma mitocondrial y contigs obtenidos mediante secuenciación de segunda generación de los robalos Centropomus viridis y Centropomus nigrescens Analysis of the mitochondrial genome and contigs obtained by second generation sequencing of snooks Centropomus viridis and Centropomus nigrescens | |
| Alejandra del Carmen Castillo Collado | |
| MIGUEL ANGEL DEL RIO PORTILLA | |
| Acceso Abierto | |
| Atribución | |
| Genética, ADN, Secuenciación masiva, Filogenia, Ensamblaje de Novo Genetics, DNA, gun-shot Sequencing, Phylogeny, De novo assembly | |
| En México, la acuicultura es una actividad muy importante debido a que contribuye a aportar una fuente de alimento rica en proteínas, vitaminas y lípidos esenciales, asimismo, ayuda a la economía del país. De la gran diversidad de peces en el país, los robalos Centropomus viridis y Centropomus nigrescens son las especies que presentan más popularidad en mercados locales. El objetivo del presente estudio fue obtener y analizar los genomas mitocondriales (mitogenomas) de las especies Centropomus viridis y Centropomus nigrescens y compararlos con otros mitogenomas de especies similares. Para conseguir los mitogenomas de estos organismos se extrajo el ADN total del músculo y de la aleta de dos peces obtenidos por donaciones siguiendo los protocolos del Laboratorio de Genética Acuícola del Departamento de Acuicultura del CICESE. Las muestras de mejor calidad se enviaron a secuenciar mediante el método de segunda generación con la plataforma Illumina. Las lecturas obtenidas de la secuenciación se evaluaron utilizando las regiones de mejor calidad, con estas lecturas se realizó un ensamblaje de Novo, un mapeo y extracción de contigs, y un análisis de Blastn y Blastx para identificar regiones de interés en el resto de las lecturas. Los mitogenomas completos obtenidos de C. viridis y C. nigrescens son similares a los genomas mitocondriales reportados en el GenBank que corresponden a especies del orden Carangaria incertae sedis. Con los análisis filogenéticos utilizando los genomas mitocondriales completos y la región 18S ARNr, se logró comprender mejor las relaciones filogenéticas de ambas especies, además se identificaron genes de interés e información de microsatélites lo que, se espera, facilitará investigaciones futuras en estos robalos. Se espera que la información generada en este trabajo pueda ayudar a seleccionar reproductores y contribuir a preservar el acervo genético. In Mexico, aquaculture is an important activity because it contributes to provide a food source rich in protein, vitamins and essential lipids, and it also helps the country's economy. There are various species of fish that are consumed throughout the country, but the snooks Centropomus viridis and Centropomus nigrescens are very popular species in local markets. The aim of this study was to obtain, analyze and compare the mitochondrial genomes (mitogenomes) of the Centropomus viridis and Centropomus nigrescens species with the mitogenomes of closely related species. To obtain the mitogenomes of these organisms, total DNA was extracted from the muscle and fin of two fish obtained by donations and following the protocols of the Aquaculture Genetics Laboratory of the CICESE Department of Aquaculture. The best quality samples were sent for sequencing using the second-generation method with the Illumina platform. The obtained reads from the sequencing were evaluated using the best quality regions, with these reads, a de Novo assembly. The complete mitogenomes obtained from C. viridis and C. nigrescens are similar to the mitochondrial genomes reported stored in the GenBank that correspond to species of the order Carangaria incertae sedis. With the phylogenetic analyzes using the complete mitochondrial genomes and the 18S rRNA region, it was possible to better understand the phylogenetic relationships of both species, in addition, genes of interest and microsatellite information were identified, which, it is considered, will facilitate further investigations. It is expected that the information generated in this work can help select broodstock and contribute to preserving gene stocks. | |
| CICESE | |
| 2023 | |
| Tesis de maestría | |
| Español | |
| Castillo Collado, A.C. 2023. Análisis del genoma mitocondrial y contigs obtenidos mediante secuenciación de segunda generación de los robalos Centropomus viridis y Centropomus nigrescens. Tesis de Maestría en Ciencias. Centro de Investigación Científica y de Educación Superior de Ensenada, Baja California. 65 pp. | |
| OTRAS | |
| Aparece en las colecciones: | Tesis - Acuicultura |
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|---|---|---|---|---|
| tesis_Alejandra del Carmen Castillo Collado_30 ago 2023mdr.pdf | Versión completa de la tesis | 1.72 MB | Adobe PDF | Visualizar/Abrir |