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http://cicese.repositorioinstitucional.mx/jspui/handle/1007/4226| Análisis de la distribución actual de Coccidioides spp. en muestras de suelo de Baja California, México Analysis of the current distribution of Coccidioides spp. in soil samples from Baja California, Mexico | |
| Jessica Paulette Segovia Mota | |
| MERITXELL RIQUELME PEREZ BERNARDINO RICARDO EATON GONZALEZ | |
| Acceso Abierto | |
| Atribución | |
| Coccidioides spp., PCR, ddPCR, muestras de suelo Coccidioides spp., PCR, ddPCR, soil samples | |
| La coccidioidomicosis, es una enfermedad infecciosa reemergente en el continente americano, causada por dos especies de hongos ascomicetos del género Coccidioides. El agente causal de esta enfermedad se ha identificado en regiones áridas y semiáridas, principalmente en el suroeste de Estados Unidos, América Central y América del Sur, así como en diversas partes del norte de México, como Baja California. A pesar de los altos índices de incidencia de esta enfermedad, se han obtenido pocos puntos positivos de muestras ambientales probablemente por la distribución no uniforme de Coccidioides spp. en suelos, la presencia de inhibidores, la baja cantidad de ADN ambiental y a que los métodos actuales para la detección requieren de técnicas de secuenciación y de tiempo prolongado. En este trabajo, se propuso el uso de dos técnicas de detección: la PCR anidada y la técnica Droplet Digital PCR (ddPCR). Se tomaron muestras de suelo de madrigueras activastanto en sitios muestreados anteriormente donde ya se había demostrado la presencia de Coccidioides spp., como en sitios no muestreados previamente. Se obtuvieron 20 muestras de Valle de las Palmas, 26 de San José de la Zorra, 18 muestras de Rancho Carrizo y 12 muestras de Rancho Golondrinas. Se extrajo ADN ambiental, y se realizó una PCR anidada usando oligonucleótidos dirigidos a amplificar la región ITS1 para detectar la presencia de Coccidioides. Se determinaron parámetros fisicoquímicos tales como materia orgánica, humedad, granulometría, conductividad eléctrica y pH, para evaluar si existe una correlación entre estas variables y la presencia o ausencia del hongo. Finalmente, se desarrollaron mapas de prevalencia con el fin de conocer de manera general la distribución actual de sitios con identificación positiva del hongo. Se obtuvo una mayor cantidad de muestras positivas con la técnica de ddPCR que con la PCR anidada, lo que sugiere que la primera es una técnica mucho más sensible y eficaz. De todos los parámetros ambientales evaluados, el pH fue el que obtuvo mayor correlación con la muestra. Sin embargo, es necesario seguir realizando estudios que incluya variables ambientales, así como de suelo para obtener un mejor conocimiento del nicho ecológico de Coccidioides spp. Coccidioidomycosis, also known as Valley Fever, is a reemerging infectious disease in the American continent, caused by two species of ascomycetes fungi of the genus Coccidioides. The causal agent of this disease has been identified in arid and semiarid regions, including the southwestern United States, Central America and South America, as well as in diverse parts of northern Mexico, like Baja California. Despite the high incidence rates of this disease, few positive points have been identified from environmental samples. This may be due to the non-uniform distribution of Coccidioides spp. in soils, the presence of inhibitors, the low amount of environmental DNA, and the fact that current methods for detection, mainly through DNA analysis, require sequencing techniques and long time. In this study, the use of two detection techniques was proposed: nested PCR and Droplet Digital PCR (ddPCR). Soil samples were taken from active burrows at previously sampled sites (Valle de las Palmas and San José de la Zorra), where the presence of Coccidioides spp. had already been demonstrated, as well as from previously unsampled sites. In total, 20 samples were obtained from Valle de las Palmas, 26 from San José de la Zorra, 18 samples from Rancho Carrizo, and 12 samples from Rancho Golondrinas. Physicochemical parameters such as organic matter, humidity, granulometry, electrical conductivity, and pH were determined to evaluate whether there is a correlation between these variables and the presence or absence of the fungus. Finally, environmental prevalence maps were developed based on the results of previous sampling sites and those obtained in this work, to generally know the current distribution of sites with positive identification of the fungus. More positive samples were obtained with the ddPCR technique than with nested PCR, suggesting that the first approach is a much more sensitive and effective technique. Of all the environmental parameters evaluated, pH was the one that presented the highest correlation with the sample. However, it is necessary to carry out additional studies including environmental and soil variables to obtain a better knowledge of the ecological niche of Coccidioides spp. | |
| CICESE | |
| 2024 | |
| Tesis de maestría | |
| Español | |
| Segovia Mota, J.P. 2024. Análisis de la distribución actual de Coccidioides spp. en muestras de suelo de Baja California, México. Tesis de Maestría en Ciencias. Centro de Investigación Científica y de Educación Superior de Ensenada, Baja California. 68 pp. | |
| OTRAS | |
| Aparece en las colecciones: | Tesis - Ciencias de la Vida |
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| tesis_Jessica Paulette Segovia Mota_2024.pdf | Descripción completa de la tesis | 5.52 MB | Adobe PDF | Visualizar/Abrir |