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http://cicese.repositorioinstitucional.mx/jspui/handle/1007/4301| Genómica poblacional de la lapa gigante (Megathura crenulata) en las costas de la península de Baja California Population genomics of the keyhole limpet (Megathura crenulata) on the coasts of the Baja California Peninsula | |
| BRENDA GUADALUPE BONETT CALZADA | |
| Fabiola Lafarga de la Cruz Fausto Valenzuela Quiñonez | |
| Acceso Abierto | |
| Atribución | |
| Filogeografía, marcadores SNPs, diversidad mitocondrial, conservación, acuicultura Phenotype, Mitogenome, Diversity, Structure | |
| La lapa gigante, Megathura crenulata, es un molusco gasterópodo marino endémico del Pacífico, cuya distribución se extiende desde California, EE.UU., hasta Baja California Sur, México. Esta lapa produce la proteína KLH (Keyhole Limpet Hemocyanin), que es utilizada en diversas aplicaciones biomédicas. Este recurso tiene gran importancia biotecnológica y gran potencial acuícola. En México, la pesquería de esta especie carece de regulación y de estudios genómicos poblacionales. En este contexto, el objetivo de este estudio es caracterizar la morfología de M. crenulata a lo largo de su distribución, describir su mitogenoma y analizar su genómica poblacional. El análisis biométrico se realizó con 166 ejemplares recolectados de California (EE.UU), Ensenada, San Quintín, Isla San Jerónimo, Puerto Canoas, Punta Eugenia, Bahía Asunción e Isla Guadalupe (México). La descripción del mitogenoma, se utilizaron muestras de California, Puerto Canoas y Punta Eugenia. La diversidad genética, la estructura poblacional y los patrones de conectividad se evaluaron mediante marcadores mitocondriales y polimorfismo de un solo nucleótido (SNPs). Los resultados indicaron la presencia de tres fenotipos de manto (negro, tigre y café) y cuatro colores de concha (verde, blanco, rojo y rayado). El crecimiento de M. crenulata es alométrico positivo, sin influencia de los fenotipos de coloración del manto ni de concha. Se observaron variaciones geográficas en los fenotipos del manto: el café fue el más frecuente, el negro aumentó en abundancia hacia el norte y el fenotipo tigre mostró la tendencia opuesta. Isla Guadalupe registró solo fenotipo negro y conchas blancas. Por otra parte, el mitogenoma de esta especie presentó un tamaño de 16,788 pb con los 13 PCGs, 22 tRNAs, dos RNAs ribosomales y una región control de 454 pb. A nivel poblacional, empleando un fragmento concatenado de los genes 16S ARNr y citocromo oxidasa I (COI), se identificaron 46 haplotipos y una alta diversidad nucleotídica, se detectó homogeneidad genética y los análisis de demografía histórica sugieren una expansión y estabilización poblacional hace aproximadamente 10,000 años. Por otro lado, se identificaron 1,112 SNPs, sin embargo, no se detectaron loci outliers. La diversidad genómica global fue de Ho= 0.28 ± 0.27 y He= 0.24 ± 0.18 y el coeficiente de endogamia global fue negativo (FIS = -0.08 ±0.36) al igual que para todas las localidades. La estructura poblacional de M. crenulata reveló.. The giant keyhole limpet (Megathura crenulata) is a marine gastropod endemic to the Eastern Pacific, distributed from Northern California (USA) to Baja California Sur (Mexico). This species produces the keyhole limpet hemocyanin (KLH), a protein widely used in biomedical applications, making it a valuable biotechnological and aquaculture resource. Despite its importance, the fishery in Mexico remains unregulated, and genomic population studies are scarce. In this context, this study aimed is to characterize the morphological variation of M. crenulata, describe its mitochondrial genome, and analyze its population genomics, across its geographical distribution in Mexico. A total of 166 individuals were collected from eight locations: California (USA), and Ensenada, San Quintín, Isla San Jerónimo, Puerto Canoas, Punta Eugenia, Bahía Asunción, and Isla Guadalupe (Mexico). Mitogenome analyses were performed using three samples from California, Puerto Canoas, and Punta Eugenia. La diversidad genética, la estructura poblacional y los patrones de conectividad se evaluaron mediante marcadores mitocondriales y polimorfismo de un solo nucleótido (SNPs). Three mantles (black, tiger, and brown) and four shell colorations phenotypes (white, green, red, and striped) were identified. The species showed positive allometric growth, which was not associated with mantle or shell coloration. Mantle phenotype geographic variation was observed: being the brown phenotype the most frequent overall; the black phenotype increased in the northern range; whereas the tiger phenotype was more prevalent in southern sites. The combination of black phenotype with white shell was found in all specimens from Guadalupe Island. The mitochondrial genome was 16,788 bp long and included the 13 standard protein-coding genes (PCGs), 22 transfer RNAs (tRNAs), two ribosomal RNAs (rRNAs), and a control region of 454 bp. Concatenated mitochondrial markers, 16S rRNA and cytochrome oxidase I (COI), revealed 46 haplotypes and high nucleotide diversity. The population appeared genetically homogeneous, and demographic analysis suggested a population expansion followed by stabilization around 10,000 years ago. Nuclear data yielded 1,112 high-quality SNPs. No candidate outlier loci under selection were detected. Overall genomic diversity was moderate (Ho = 0.28 ± 0.27; He = 0.24 ± 0.18), with a negative inbreeding coefficient (FIS = –0.08 ± 0.36), indicating an excess of heterozygotes | |
| CICESE | |
| 2025 | |
| Tesis de doctorado | |
| Español | |
| Bonett Calzada, B.G. 2025. enómica poblacional de la lapa gigante (Megathura crenulata) en las costas de la península de Baja California. Tesis de Doctorado en Ciencias. Centro de Investigación Científica y de Educación Superior de Ensenada, Baja California. 73 pp. | |
| OTRAS | |
| Aparece en las colecciones: | Tesis - Acuicultura |
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| tesis_Brenda Guadalupe Bonett Calzada_2025.pdf | Descripción completa de la tesis | 3.03 MB | Adobe PDF | Visualizar/Abrir |