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http://cicese.repositorioinstitucional.mx/jspui/handle/1007/744| Identificación de marcadores moleculares microsatelitales para la sardina del Pacífico Nororiental Sardinops sagax caeruleus Microsatellite molecular markers identification for the northeast pacific sardine Sardinops sagax caeruleus | |
| Ismael Guzmán Valdivieso | |
| AXAYACATL ROCHA OLIVARES | |
| Acceso Abierto | |
| Atribución | |
| Sardina monterrey,Marcadores moleculares,Sardinops sagax caeruleus,Ciencias del mar | |
| La sardina del Pacífico Nororiental (Sardinops sagax caeruleus) es un recurso de importancia económica cuya abundancia ha fluctuado significativamente en el pasado. Estas grandes fluctuaciones poblacionales probablemente han influenciado los procesos que generan y mantienen la variabilidad genética de la especie y la estructura poblacional. Estudios previos de polimorfismo genético han reportado la ausencia de estructura poblacional a través de la amplia distribución geográfica de la especie. Sin embargo, para comprender mejor la historia evolutiva y el arreglo poblacional de la sardina monterrey, es necesario incrementar el número de loci altamente polimórficos para mejorar el poder de resolución de las estimaciones de diferenciación poblacional. Por lo tanto, en este estudio se identificaron nuevos loci microsatelitales para ser utilizados principalmente en la investigación de estructura poblacional de la sardina monterrey. Para ello, se diseñaron cebadores para 48 loci microsatelitales a partir de loci similares descritos para otras especies de la familia Clupeidae. Con el fin de evaluar su polimorfismo y su utilidad como marcadores moleculares para genética de poblaciones, se optimizaron estos loci y se genotipificaron en individuos de Oregon y California en los EE.UU.AA. y Bahía Magdalena y el Golfo de California en México. Se encontró que siete de los 48 loci iniciales representaron loci microsatelitales polimórficos que pueden ser fácilmente cuantificados en la sardina monterrey. El número de alelos por locus se encontró entre tres y 30, mientras que la heterocigosidad esperada se encontró entre 0.04 y 0.96. Los loci identificados en este trabajo serán útiles para análisis futuros de estructura genética poblacional. Además, se muestra que los experimentos de amplificación cruzada de loci homólogos de otras especies pueden reducir significativamente el esfuerzo y requerimientos para el desarrollo de nuevos marcadores microsatelitales en clupeidos, un taxón para el cual existe poca información genómica. The northeast Pacific sardine (Sardinops sagax caeruleus) is an important economic resource whose abundance has fluctuated significantly in the past. These large population fluctuations have probably influenced the processes generating and maintaining genetic variability and population structure. Preliminary genetic studies have reported the absence of population differentiation across a wide geographic range. However, to better understand the evolutionary history of Pacific sardines it is necessary to increase the number of polymorphic loci to improve the resolution and power of population structure assessment. Therefore, this study aims to identify new microsatellite loci to be used in the study of Pacific sardine population structure. We selected PCR primers from the literature for 48 potential microsatellite loci developed in other clupeid species and tested all primer sets in Pacific sardines. In order to assess polymorphisms and their utility as markers for population genetic analysis, loci were optimized and genotyped in individuals from Oregon and California, in the United States, and Magdalena Bay and the Gulf of California, in México. Seven of the 48 potential loci were found to represent polymorphic microsatellite loci that could easily be scored in Pacific sardines. The number of alleles per locus ranged from three to 30 and expected heterozygosities ranged from 0.04 to 0.96. The microsatellite loci presented here should prove useful for future fine-scale population genetic analyses. In addition, we have shown that cross-amplification experiments and optimization of homologous loci from other species can significantly reduce the effort and resources needed for the development of new microsatellite markers in Clupeids, a taxon for which there is little genomic information. | |
| CICESE | |
| 2007 | |
| Tesis de maestría | |
| Español | |
| Guzmán Valdivieso,I.2007.Identificación de marcadores moleculares microsatelitales para la sardina del Pacífico Nororiental Sardinops sagax caeruleus.Tesis de Maestría en Ciencias. Centro de Investigación Científica y de Educación Superior de Ensenada, Baja California.60 pp. | |
| PECES Y FAUNA SILVESTRE | |
| Aparece en las colecciones: | Tesis - Ecología Marina |
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