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http://cicese.repositorioinstitucional.mx/jspui/handle/1007/758| Contribución al código de barras de ADN para la evaluación de la diversidad de nemátodos marinos de vida libre en dos localidades del Golfo de California Contributing to the DNA barcoding of free living marine nematodes for the assessment of diversity in two localities of the gulf of California | |
| Arely Martínez Arce | |
| AXAYACATL ROCHA OLIVARES | |
| Acceso Abierto | |
| Atribución | |
| Golfo de California,Ciencias del mar,Nemátodos marinos,Código de barras de ADN | |
| A nivel global, en la actualidad se han descrito a nivel de especie al menos 1.5millones de especies y poco se conoce del número total de especies existentes. Con base enestimaciones especulativas, se piensa que sólo se ha podido identificar aproximadamente el10% de ellas. Más aun, el número de especies descritas podría ser una subeestimación delnúmero real de especies, debido a la existencia de especies crípticas. La utilización deherramientas como el “Código de Barras de ADN” (CB-ADN) mediante la secuenciaciónde genes estandarizados presenta ciertas ventajas sobre la identificación tradicional,ofreciendo un diagnóstico eficiente y rápido en la identificación de especies para elconocimiento de la biodiversidad. En este estudio se evaluó la diversidad de nemátodosmarinos en dos localidades del Golfo de California, utilizando de forma complementariaanálisis morfológicos y genéticos para su identificación. Se identificó morfológicamente aun total de 83 individuos pertenecientes a 55 morfoespecies. De éstas 47 pudierondeterminarse taxonómicamente en 32 géneros y 15 familias. Se logró secuenciar a 27individuos de 25 morfoespecies, encontrándose que la amplificación de un fragmentoparcial de ~400 pares de bases tuvo un mayor éxito que la del fragmento total D2A-D3B,por lo que este fragmento podría ser utilizado en futuras investigaciones del “Código debarras de ADN”. Secuencias idénticas o muy similares corroboraron la identificaciónmorfológica de organismos pertenecientes a la misma especie (Oncholaimus sp n = 4,Viscosia sp2 n = 2 y Chromadora sp1 n=2). Las topologías filogenéticas obtenidasmediante métodos distintos (parsimonia máxima y vecino más cercano) fueronconcordantes y varios linajes presentaron altos (> 90%) valores de “bootstrap” noparamétrico. No obstante, la presencia de algunas incongruencias sugiere que es necesarioincrementar el número de algunos taxa subrepresentados. La importancia de conocer laidentidad de todos los organismos no sólo reside en cuantificar la diversidad existente, sinotambién en entender los patrones y procesos ecológicos y evolutivos que la producen y lamantienen. La aplicación del CB-ADN permitirá realizar investigaciones más eficientes enáreas como la ecología, la genética y la biología entre otras. At global level, at least 1.5 million species have been described to date and little is known about the total number of existing species. Speculative estimations suggest that only about 10% of all the species have been described. This figure could be underestimated, due to the existence of cryptic species. The use of tools such as the DNA Barcoding (DNA-BC) by means of sequences of standardized genes presents certain advantages over traditional morphological identification, and offers an efficient and fast diagnosis in the identification of species for assessing biodiversity. In this study we evaluated the diversity of marine nematodes in two localities of the Gulf of California, using complementarily morphologic and genetic analyses for their identification. We identified 83 individuals in 55 morpho-species. From these, only 47 could be taxonomically determined in 37 genera and 15 families. It was possible to obtain DNA sequence data from 27 individuals in 21 morpho-species. We found that the success in amplification and sequencing of a partial ~400 bp fragment was greater than of the larger (~ 700bp) D2A-D3B fragment. We suggest that this smaller fragment could be used in future DNA-BC research. Identical or very similar sequences corroborated the morphologic identification of organisms from the same morpho-species (Oncholaimus sp n = 4, Viscosia sp n =2 and Chromadora sp1 n=2). Phylogenetic topologies obtained by different methods (Maximum Parsimony and Neighbor Joining) were concordant and several lineages presented high (> 90%) values of non-parametric “bootstrap” support. Nevertheless, the presence of some incongruent relationships suggests the need to increase the number of some under-represented taxa. The importance of knowing the identity of all organisms not only resides in the need to quantifying the existing diversity, but also in understanding the ecological and evolutionary patterns and processes responsible for producing and maintaining it. Application of the DNA-BC will improve the efficiency of research in areas such as ecology, genetics and biology among others. | |
| CICESE | |
| 2008 | |
| Tesis de maestría | |
| Español | |
| Martínez Arce,A.2008.Contribución al código de barras de ADN para la evaluación de la diversidad de nemátodos marinos de vida libre en dos localidades del Golfo de California.Tesis de Maestría en Ciencias. Centro de Investigación Científica y de Educación Superior de Ensenada, Baja California.142 pp. | |
| PECES Y FAUNA SILVESTRE | |
| Aparece en las colecciones: | Tesis - Ecología Marina |
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